La endoscopía es un procedimiento de mínima invasión donde se introduce un equipo flexible con una micro cámara para observar lo que ocurre dentro del sistema digestivo sin necesidad de requerir alguna cirugía. El Hospital de Especialidades Puerta de Hierro  cuenta con una torre móvil de endoscopia  para procedimientos de urgencia o procedimientos  programados. Con el equipo OLYMPUS EXERA se pueden realizar  estudios  de diagnóstico como de tratamiento como: esófago, gastro y duodenoscopias,  broncoscopias y colonoscopias. Centro Médico Puerta de Hierro tiene lo último en endoscopios con cámara incluida y una alta resolución para poder visualizar claramente protuberancias, pólipos, lesiones ulceradas y lesiones vasculares. Se cuenta con 8 endoscopios especializados para cada uno de los procedimientos tanto adulto como pediátrico (único en el medio hospitalario privado de la ciudad).